A Pápai Református Kollégium a város reformációja során jött létre 1531-ben. 1585-ben fogalmazták meg és állították használatba a kollégiumi törvényeket, amelyek szabályozták -megújított formában mind a mai napig - az intézmény működését. Az ifjúság széles korosztályának adott lehetőséget az ismeretek megszerzésére tagintézményeiben: elemi iskola, gimnázium, líceum, teológiai akadémia, kereskedelmi iskola. Volt internátusa, menzája, diákönkormányzata, énekkara, könyvtára és múzeuma (eredetileg régiség gyűjteménye) is. A reformkorban a város szellemi életének központja volt, ami miatt Pápát a „Dunántúl Athénjé”-nek is nevezték. A kollégium az államosítások idején (1948-1952) eredeti formájában megszűnt. Napjainkban (1991 óta) a Református Kollégium Pápán újra összetett oktatási és kulturális intézmény, amely alap-, közép- és felsőfokú oktatásnak egyaránt helyszíne; az ismét létrejött szellemi közösség összefogja nemcsak a gimnáziumot és a teológiai akadémiát, de a gyűjteményeket is.
Neves egyéniségek, akik tanárként vagy diákként szellemiségükkel emelték az iskola színvonalát: Mándi Márton István professzor nyelvész és filozófus, Tóth Ferenc püspök, egyháztörténész, Tarczy Lajos professzor, filozófus és természettudós, Bocsor István történész, nyelvész, jogász, Kapossy Lucián tanár, helytörténész, Váli Ferenc a neveléstan tudósa, Kerkapoly Károly jogtudós, Antal Gábor és Antal Géza püspök, Kőrös Endre tanár és igazgató, Fejes Zsigmond matematikus, fizikus. És a híresebb diákok a teljesség igénye nélkül: Petőfi Sándor költő, Jókai Mór író, Orlai Petrich Soma festőművész, Noszlopy Gáspár a szabadság hős, Eötvös Károly író és politikus, Ólé Sándor memoáríró lelkész, Tildy Zoltán kisgazda politikus, Hencze Béla irodalomtörténész, Trócsányi Dezső filozófus, Pongrácz József teológus, A. Tóth Sándor festőművész és bábművész, Lőrincze Lajos és Balázs János nyelvészek, Tatay Sándor író, Somogyi József szobrászművész, Csoóri Sándor, Nagy László és Rab Zsuzsa költők, Kövy Zsolt lelkész.
A Dunántúli Református Egyházkerület Tudományos Gyűjteményei – vagyis a könyvtár, a levéltár és a múzeum – a Dunántúli Református Egyházkerület központi közgyűjteménye. A Gyűjtemények a régi főiskolai könyvtár, az egyházkerületi levéltár és kollégiumi régiségtár összevonásával 1958-ban jött létre. Feladata a dunántúli reformátusság írott és tárgyi emlékeinek összegyűjtése, őrzése, feldolgozása és bemutatása; a református örökség bemutatásával a keresztyén szellemi identitás megőrzése, megerősítése és folytonosságának fenntartása. Dr. Hudi József főlevéltáros szavai alapján: a „Pápai Református Kollégium szellemi kisugárzása tette Pápát a dunántúli reformátusság központjává, igazi diákvárossá” és nemcsak a város, de a Dunántúl (és a Nyugat-Felvidék), sőt az ország kulturális örökségének is fontos része.
